Desde su comienzo Andhes acompañó la lucha de los pueblos indígenas por el reconocimiento de sus derechos políticos, territoriales, económicos-sociales y culturales. Un pueblo originario es un grupo de personas que descienden de las poblaciones preexistentes a la conquista, que poseen una historia, un idioma, formas de organización política-territorial y costumbres culturales comunes con las cuales se identifican, reconociéndose como pertenecientes a la misma unidad sociocultural. 

En Argentina existen 38 Pueblos a lo largo de lo que es hoy el territorio nacional. Andhes trabaja junto a diferentes pueblos indígenas: en Tucumán con el Pueblo Diaguita, y en Jujuy con el pueblo Kolla, el pueblo Ocloya, el pueblo Quechua, y el pueblo Tilianes. Acompañamos la lucha de las comunidades indígenas en defensa de sus territorios a través de acciones de incidencia en políticas públicas, campañas comunicacionales de sensibilización de la población y litigio estratégico. La relación con los pueblos indígenas debe darse en un contexto de respeto a su identidad y diversidad, su derecho al desarrollo autónomo y a la participación real activa e informada en el diseño y ejecución de las políticas públicas que los afectan.